Prvá zmienka o Bardejove pochádza z roku 1241 a tvorí ju zápis v Ipatijevskej kronike. Druhá písomná zmienka, ktorej odpis sa nachádza v Okresnom archíve v Bardejove, je z roku 1247 a kráľ Belo IV. v nej rieši územné spory medzi nemeckými osadníkmi z Prešova a mníšskym radom cisterciánov, ktorí pôsobili v Bardejove. Bardejov ležal na významnej obchodnej ceste medzi Čiernym a Baltským morom. Čulý obchodný ruch urobil z malej osady v pomerne krátkom čase bohaté mesto, ktorému venovali pozornosť všetci uhorskí panovníci. Rozsiahle privilégiá udelené kráľom Karolom Róbertom v roku 1320 posilnili ďalší vývoj. S urbanizačným rozvojom Bardejova v prvej polovici 14. storočia úzko súvisia počiatky mestského opevnenia. Už v roku 1352 kráľ Ľudovít I. prikázal mesto opevniť hradbami a baštami. V privilegiálnej listine z roku 1376 sa hovorí už o opevnenom meste. Preto nie je vylúčené, že fortifikačné prvky vznikli už aj pred rokom 1352. Fortifikačný systém, ktorý na základe tohto rozhodnutia vznikol, patrí dnes k najzachovalejším na Slovensku. V tom istom roku získalo mesto právo konať na sviatok sv. Egídia – 1. septembra, výročný jarmok. 

V roku 1365 získalo hrdelné právo. Malo aj vlastného kata. Vďaka mnohým ďalším právam a privilégiám sa rozvíjalo a naberalo na vážnosti, preto ho v roku 1376 povýšil kráľ Ľudovít I. na Slobodné kráľovské mesto.

Od roku 1453 má Bardejov aj vlastný erb, ktorý mu udelil kráľ Ladislav. V priebehu jedného storočia sa mesto vzmohlo tak, že podľa daňových súpisov malo v roku 1437 evidovaných 517 domov a 3000 obyvateľov vo vnútornom meste. Za hradbami bolo ďalších 300 domov. V tom istom roku bolo registrovaných 64 rozličných remesiel, 51 cechov a 146 remeselníckych majstrov. 15. storočie malo aj svoje temnejšie stránky. V roku 1412 dal kráľ Žigmund mesto do zálohy poľskému šľachticovi Balickému za 13 tisíc zlatých. Až v roku 1477 rozhodol kráľ Matej Korvín o neplatnosti zálohy, dávky však žiadal platiť do svojej pokladne. 16. storočie prialo kultúre a vzdelanosti. V meste bola humanistická škola, ktorá mala dobré meno v rámci celého Uhorska. Pod vedením rektora Leonarda Stöckela sa stalo centrom kultúry, vzdelanosti i formovania náboženského života. Hneď po svojom nástupe na školu vydal Stöckel školský organizačný a študijný poriadok pod názvom Leges scholae Bartphensis (Zákony bardejovskej školy). Tento poriadok je najstarším pedagogickým dokumentom na Slovensku. Verejnosti bola sprístupnená farská knižnica, založili sa dve kníhtlačiarne, Gutgeselova a Klöszova. Z historického hľadiska najväčšiu úlohu zohrala Gutgeselova tlačiareň, v ktorej bolo vytlačených mnoho vzácnych prác, okrem iných aj Katechizmus Martina Luthera v roku 1581. Kniha je považovaná za prvú publikáciu preloženú do vtedajšej slovenčiny. Priaznivá kultúrna klíma prispela k otvoreniu verejnej knižnice a kníhkupectva. V 17. storočí začal hospodársky úpadok mesta. Neobišli ho ani tökölyovskí či rákocziovskí vojaci, ani morová epidémia. Požiar, ktorý v roku 1680 založili tökölyovskí vojaci, ho takmer celé zničil. V 19. storočí sa začalo rozvíjať bankovníctvo a priemysel, aj keď v malom rozsahu. V roku 1883 bola v meste založená továreň na výrobu hračiek. Napriek tomu, že jej výrobky reprezentovali Bardejov na výstavách vo Viedni, v Budapešti i na svetovej výstave v Paríži, mohla zamestnať len okolo 100 ľudí. Významným momentom bolo otvorenie železnice na trase Prešov - Bardejov v roku 1893. Slabý priemysel a nerozvinuté poľnohospodárstvo zapríčinili, že v okrese začala masívna vlna vysťahovalectva. Najväčší rozvoj bol zaznamenaný po II. svetovej vojne. Rozšíril sa priemysel, školstvo, vybudovali sa nové sídliská. Veľká pozornosť sa začala venovať obnove historických pamiatok. Historické jadro mesta bolo už v 50-tych rokoch vyhlásené za Mestskú pamiatkovú rezerváciu. Najrozsiahlejšia renovácia historickej časti sa urobila v 70-tych rokoch. Za túto činnosť udelilo Medzinárodné kuratórium nadácie ICOMOS pri UNESCO mestu v roku 1986 Európsku cenu - zlatú medailu.

V roku 2000 bolo historické námestie spolu s komplexom stavieb tvoriacich židovské suburbium zapísané do Zoznamu svetového kultúrneho a prírodného dedičstva.